As pesquisas genéticas e os tratamentos com células tronco recebem fortes críticas de diversos setores da sociedade, em especial dos religiosos. Por considerarem os embriões como uma vida em formação, religiosos conservadores afirmam que manipular ou sacrificar embriões de seres humanos constitui um assassinato. Em países mais conservadores, as pesquisas estão paradas ou limitadas à utilização das células adultas.
Para explorar as células tronco usando as técnicas conhecidas hoje, é necessário retirar o chamado "botão embrionário", provocando a destruição do embrião, esse processo é condenado por algumas religiões, que consideram que a vida tem início a partir do momento da fecundação. As leis brasileiras não são especificas para clonagem terapêutica (com finalidade de curar determinadas doenças, e não de reproduzir seres). Só é autorizada a retirada de células tronco de embriões congelados, obtidos por fertilização in vitro, que foram armazenadas a cerca de três anos, com consentimento dos pais, para serem utilizados em pesquisas.
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